A modular tool to aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.
Report generated on 2021-04-21, 12:42 based on data in: C:\Users\ChengXin\PycharmProjects\untitled\pmultiqc\test_data\UPS1\unique-peptides-star-align-stricter-pep-protein-FDR\proteomics_lfq
ProteomicsLFQ
proteomicslfq is an example module to show how the MultQC pluginm system works.
Experimental Design
This plot shows the Proteomics Experimental Design
This plot shows the Proteomics Experimental Design. You can see details about it in https://abibuilder.informatik.uni-tuebingen.de/archive/openms/Documentation/release/latest/html/classOpenMS_1_1ExperimentalDesign.html
| Spectra File | Fraction_Group | Fraction | Label | Sample | MSstats_Condition | MSstats_BioReplicate |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 1 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 2 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 3 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 4 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 5 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 6 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 7 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 8 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 9 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 10 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 11 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 12 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 13 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 14 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 15 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 16 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 17 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 18 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 19 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 20 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 21 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 22 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 23 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 24 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 25 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 26 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 27 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
Summary Table
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics
| Total MS/MS Spectral | Total MS/MS Spectral Identified | Identified MS/MS Spectral Coverage | Total Peptide Count | Total Protein Identified |
|---|---|---|---|---|
| 1035348 | 402297 | 38.86% | 8641 | 1141 |
Pipeline Result Statistics
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result. Including Sample Name、Possible Study Variables、identified the number of peptide in the pipeline、 and identified the number of modified peptide in the pipeline, eg.
| Spectra File | Sample Name | condition | fraction | peptide_num | modified_peptide_num | protein_num |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 5994 | 884 | 1060 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 6028 | 875 | 1043 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 6048 | 868 | 1042 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 6046 | 812 | 1024 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 6087 | 821 | 1048 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 6016 | 826 | 1046 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 6041 | 893 | 1038 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 5683 | 831 | 1018 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 5854 | 845 | 1029 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 5662 | 771 | 1027 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 5776 | 795 | 1036 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 5720 | 786 | 1034 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 5965 | 809 | 1039 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 5990 | 808 | 1042 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 5982 | 806 | 1050 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 6011 | 905 | 1025 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 6032 | 905 | 1024 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 6048 | 918 | 1021 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 5794 | 811 | 1039 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 5844 | 807 | 1043 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 5795 | 785 | 1029 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 5820 | 810 | 1025 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 5770 | 777 | 1038 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 5742 | 800 | 1033 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 6297 | 867 | 1043 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 6209 | 854 | 1057 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 6142 | 842 | 1036 |
Number of Peptides Per Proteins
This plot shows the number of peptides per proteins in ProteomicsLFQ pipeline final result
This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:
- Something important
- Something else important
- Best of all - some
code
Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.
Quantification Result
This plot shows the quantification information of peptidesin ProteomicsLFQ pipeline final result
This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:
- Something important
- Something else important
- Best of all - some
code
Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.
| ID | sequence | peptide_abundance_study_variable[1] | peptide_abundance_study_variable[2] | peptide_abundance_study_variable[3] | peptide_abundance_study_variable[4] | peptide_abundance_study_variable[5] | peptide_abundance_study_variable[6] | peptide_abundance_study_variable[7] | peptide_abundance_study_variable[8] | peptide_abundance_study_variable[9] | peptide_abundance_study_variable[10] | peptide_abundance_study_variable[11] | peptide_abundance_study_variable[12] | peptide_abundance_study_variable[13] | peptide_abundance_study_variable[14] | peptide_abundance_study_variable[15] | peptide_abundance_study_variable[16] | peptide_abundance_study_variable[17] | peptide_abundance_study_variable[18] | peptide_abundance_study_variable[19] | peptide_abundance_study_variable[20] | peptide_abundance_study_variable[21] | peptide_abundance_study_variable[22] | peptide_abundance_study_variable[23] | peptide_abundance_study_variable[24] | peptide_abundance_study_variable[25] | peptide_abundance_study_variable[26] | peptide_abundance_study_variable[27] |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | YPDIFPVMK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1840157.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 462184.093750 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 2 | KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 565603.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 3 | HEDVHR | 109476.726562 | nan | nan | 868943.437500 | 973273.125000 | 1443811.625000 | nan | 328236.750000 | nan | 2025771.625000 | 1504683.625000 | 446417.531250 | 566792.000000 | 1607156.250000 | 1357169.625000 | nan | nan | nan | 1635159.875000 | 1422424.625000 | 562681.375000 | 1391783.750000 | 1094301.000000 | 1164157.250000 | nan | nan | nan |
| 4 | HHNEGTVSK | 464123.750000 | nan | nan | nan | 402090.062500 | 485311.312500 | nan | 651087.812500 | 237535.671875 | 3186425.000000 | 573661.125000 | 372533.343750 | 2228138.500000 | 432238.968750 | 1492275.750000 | nan | nan | nan | 476860.250000 | 548713.750000 | 1331076.500000 | 1545434.625000 | 1542898.500000 | 380893.656250 | nan | nan | nan |
| 5 | YDSTHGR | 1101987.500000 | 1116074.250000 | 1093054.125000 | nan | nan | nan | 947414.437500 | 1522625.375000 | 1230558.125000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1319410.125000 | 1354251.625000 | 1361846.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 6 | VLHHEK | nan | nan | nan | nan | 580918.437500 | 928945.062500 | nan | nan | nan | 6931859.500000 | 985525.937500 | nan | 6547256.000000 | 1151918.125000 | 1047077.687500 | nan | nan | nan | 1170664.750000 | 837530.812500 | nan | 1252125.625000 | 1044594.000000 | nan | nan | nan | nan |
| 7 | GMAGGQHHHR | nan | nan | nan | 177070.359375 | 139076.796875 | 111180.023438 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 112377.156250 | 126382.992188 | nan | 710121.500000 | 1383629.250000 | 299415.343750 | nan | nan | nan | 118663.515625 | 161408.109375 | 100469.937500 | 2693810.750000 | 4095009.500000 | 3789387.500000 |
| 8 | GHDSADHASQNSGGKPR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 345763.156250 | 544731.000000 | nan | nan | 1332536.125000 | nan | nan | nan | 1061641.125000 | 538018.500000 | 254869.406250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 9 | HAHGDQYK | 2280078.250000 | 3058346.000000 | 4806464.000000 | 3608151.250000 | 717448.062500 | 569066.687500 | 4421043.000000 | 1729560.750000 | 1348484.250000 | 417204.093750 | 1329214.750000 | 1609287.375000 | 1570276.000000 | 716054.062500 | 1961560.625000 | 691154.125000 | 231055.265625 | nan | 1249660.250000 | 1995489.250000 | 2043329.375000 | 1213144.375000 | 879403.750000 | 1199378.125000 | nan | 1507238.125000 | 2771405.250000 |
| 10 | HIDAGAKK | 1032032.437500 | nan | nan | 4259017.500000 | 5748595.500000 | 8919048.000000 | nan | 3460807.250000 | 4579716.000000 | 6444793.000000 | 2457546.250000 | 1129948.000000 | 20178290.000000 | 11155031.000000 | 7866368.500000 | nan | nan | nan | 2460415.250000 | 1853720.500000 | 1162547.875000 | 10095528.000000 | 8613210.000000 | 7369748.000000 | nan | nan | nan |
| 11 | TVDGPSHK | 1107416.000000 | 1094882.500000 | 1106273.875000 | nan | nan | nan | 1047103.625000 | 1834514.375000 | 1503664.125000 | nan | nan | 975960.187500 | nan | nan | nan | 1482506.000000 | 1408446.875000 | 1444747.250000 | nan | 973444.812500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 312946.656250 |
| 12 | HLKSEDEMK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 467333.562500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 146740.046875 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 13 | KRPVPK | 4096939.250000 | 1771598.000000 | nan | 5403828.500000 | 13136981.000000 | 18317704.000000 | 1588964.250000 | 9759575.000000 | 3039966.000000 | 26625894.000000 | 7801262.000000 | 6247166.500000 | 22657700.000000 | 23035096.000000 | 18708216.000000 | nan | nan | nan | 7269465.500000 | 6782982.500000 | nan | 22446564.000000 | 21772338.000000 | 19004282.000000 | nan | nan | nan |
| 14 | KKDDVVK | 667884.000000 | nan | nan | 1960188.625000 | 2153081.250000 | nan | nan | 1583934.625000 | 587978.312500 | nan | 4491909.500000 | 1094901.500000 | nan | 4265950.000000 | 3428231.750000 | nan | nan | nan | 2214772.500000 | 1921190.750000 | nan | nan | nan | 3358303.000000 | nan | nan | nan |
| 15 | VHGEEDPTKK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 409504.812500 | nan | nan | 711285.312500 | nan | nan | 685727.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 16 | DKSEAPKEEAGETNK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1187067.750000 | 790827.687500 | 572823.500000 | 1017232.750000 | nan | 888972.875000 | nan | nan | nan | 852340.687500 | 770119.000000 | 552103.500000 | nan | 623865.750000 | nan | nan | nan | nan |
| 17 | AQNEFDDLIAAQQNAINR | nan | 453164.656250 | nan | nan | 907825.812500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 18 | KLSEESKR | 1283963.375000 | nan | 342705.750000 | 1084562.500000 | 1337588.625000 | 1398166.375000 | 376283.156250 | 1318315.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | 1815091.875000 | 1701211.250000 | nan | nan | nan | nan | 1362353.250000 | nan | 1666363.500000 | 1864397.375000 | 1773918.125000 | nan | nan | nan |
| 19 | KKAPAGGAADAAAK | 627051.437500 | 488833.562500 | 220769.015625 | 1273792.500000 | 1291778.375000 | 1548640.750000 | 405325.031250 | 1684237.500000 | 862098.062500 | 1761354.625000 | 1235612.250000 | 979589.812500 | 2235350.750000 | 1610879.125000 | 1233862.000000 | nan | nan | nan | 2201255.750000 | 1279841.000000 | 849178.000000 | 1704349.750000 | 1617460.500000 | 1991755.625000 | nan | nan | 291959.906250 |
| 20 | KKAPAGGAADAAAK | 1599213.250000 | 1170798.875000 | 792742.625000 | 2301550.750000 | 2846155.000000 | 3086109.000000 | 1110898.250000 | 3001132.750000 | 1383964.500000 | 4161654.500000 | 2870802.750000 | 2281553.500000 | 3831100.000000 | 3462922.500000 | 2961193.750000 | nan | nan | nan | 3197624.500000 | 3161641.000000 | 2552778.750000 | 4262905.500000 | 3194209.500000 | 3614427.250000 | nan | nan | nan |
| 21 | TNLANNKKPEK | nan | nan | nan | nan | 242056.562500 | nan | nan | nan | nan | 256866.000000 | nan | nan | 401173.437500 | 250875.515625 | nan | nan | nan | nan | 104897.625000 | nan | nan | nan | 225022.109375 | nan | nan | nan | nan |
| 22 | YKGTVSHDDK | nan | nan | nan | 745394.187500 | 926810.062500 | 1197871.250000 | nan | 227097.421875 | nan | 1904860.875000 | 308576.687500 | 989201.625000 | 1933637.000000 | 1436696.500000 | 1084902.375000 | nan | nan | nan | 448553.906250 | 300968.875000 | nan | 1177250.000000 | 995906.312500 | 1027686.812500 | nan | nan | nan |
| 23 | KDKEACVHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 924877.062500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 24 | KSNHNSHSSK | nan | 42420.906250 | nan | nan | 125068.109375 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 50755.507812 | nan | nan | 29812.269531 | 17920790.000000 | nan | nan | nan | 93155.328125 | nan | nan | nan | 35206.242188 | nan | 112332.296875 | 165689.609375 |
| 25 | RKPVTEAR | 7745268.500000 | 6563301.000000 | 3275418.750000 | nan | nan | nan | 14163414.000000 | 16397588.000000 | 23497936.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 6048500.000000 | 1994620.875000 | 711268.062500 | nan | nan | 1003286.312500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 26 | DKAETLKK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1649725.750000 | nan | nan | nan | nan | nan |
| 27 | TVDKPVGSSHAQEK | 1087654.000000 | nan | 712078.062500 | nan | nan | nan | 809408.625000 | 4356526.000000 | 1229225.250000 | nan | nan | 3127351.500000 | nan | 4112173.250000 | nan | 638375.562500 | nan | nan | nan | nan | 1794375.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 28 | MYTSMGGIEPKELFVVGK | 1014291.375000 | nan | nan | nan | nan | 1312638.875000 | nan | nan | nan | nan | nan | 1069588.125000 | nan | 1389739.875000 | 1151548.375000 | nan | nan | nan | 1124897.875000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 29 | HAEHIK | 14029094.000000 | 3371087.250000 | 2469402.250000 | 8356236.000000 | 9643225.000000 | 13258996.000000 | 2899025.500000 | 15414948.000000 | 4527445.000000 | 12764215.000000 | 3435167.500000 | 10422591.000000 | 15130254.000000 | 15484127.000000 | 8108705.000000 | 411986.156250 | nan | nan | 5342498.000000 | 11226515.000000 | 5128991.000000 | 14184892.000000 | 14711576.000000 | 10341834.000000 | nan | 408263.031250 | 3315672.750000 |
| 30 | TAAHTHIK | nan | nan | nan | nan | nan | 1112284.500000 | nan | 3858488.500000 | nan | 1999293.875000 | nan | nan | 1897349.500000 | 833695.687500 | nan | nan | nan | nan | 1094428.000000 | 951816.875000 | 703354.187500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 31 | NQEKEQEEQQQQEGHNNKEEHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 980375.875000 | nan | nan |
| 32 | YITTWENEFLDSQR | nan | nan | nan | 2870124.500000 | 3033221.000000 | 2775493.250000 | nan | nan | nan | 3542714.500000 | 3355702.250000 | nan | nan | 3813569.250000 | nan | 3178990.250000 | 2302877.500000 | nan | 3381872.250000 | nan | nan | 4167244.250000 | 2960200.000000 | 3596930.750000 | 1726941.750000 | nan | 2350442.250000 |
| 33 | NQEKEQEEQQQQEGHNNKEEHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1137302.500000 | nan | nan |
| 34 | ESVELPLTHPELYEEMGIK | 11411398.000000 | 10513610.000000 | 10057162.000000 | 12318296.000000 | 12028681.000000 | 12120105.000000 | nan | 11189504.000000 | 8279938.500000 | nan | 11381284.000000 | 10115129.000000 | nan | nan | 11678262.000000 | nan | nan | nan | 11462310.000000 | 10763830.000000 | nan | 12329036.000000 | nan | 10926950.000000 | 10548748.000000 | 10983786.000000 | nan |
| 35 | NRAPPQRPR | 2811862.750000 | 2211249.250000 | 1709423.250000 | 4230651.500000 | 4248479.000000 | nan | 1957498.500000 | 5595389.000000 | 3568202.250000 | nan | nan | 2978061.000000 | 4695404.000000 | 4437060.000000 | 4226828.500000 | nan | 982655.250000 | nan | nan | nan | nan | 5193425.000000 | 4885309.000000 | 5091879.000000 | nan | 2663494.500000 | 3328171.750000 |
| 36 | TTHPVSHGHSGSSTGPK | nan | 3910617.500000 | 826134.125000 | nan | nan | nan | 1554253.250000 | 3635082.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2751063.250000 | 2206326.750000 | 2093312.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 37 | ISIFYNDPVSSLSFEPSEK | nan | 2085545.375000 | nan | 2712102.500000 | 2552041.750000 | 2232902.750000 | 2476055.000000 | nan | nan | 2740629.500000 | 2440785.000000 | 2012215.750000 | 2611126.250000 | 2671558.250000 | 2588230.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2445257.750000 | nan | 2248239.250000 | nan | 2244465.500000 | 2329184.000000 |
| 38 | HGGYKPTDK | 6652318.000000 | nan | 4617961.500000 | nan | nan | nan | 8375124.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 868357.312500 | 3741051.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 39 | NRAPPQRPR | 15859674.000000 | 12525075.000000 | 11196810.000000 | 20404692.000000 | 21211894.000000 | 22961512.000000 | 13160327.000000 | 22544720.000000 | 17036694.000000 | 20273794.000000 | 17993640.000000 | 13239553.000000 | 25506238.000000 | 23818112.000000 | 22898912.000000 | 6850638.500000 | 4037292.750000 | 2692088.750000 | 18315890.000000 | 17431416.000000 | 17135450.000000 | 25893876.000000 | 25860502.000000 | 25443398.000000 | 4993516.000000 | 12579233.000000 | 15716877.000000 |
| 40 | GPLLVQDVVFTDEMAHFDR | nan | nan | nan | 2091046.250000 | nan | nan | nan | nan | 1238773.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | 1841220.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 41 | VAFPHLYNSR | 3915472.250000 | 3037630.500000 | nan | 3730903.000000 | 3702929.250000 | 3718040.000000 | 2929945.250000 | 7955066.500000 | 3915474.500000 | nan | 5287930.000000 | 4527166.500000 | 5783935.000000 | 6266120.000000 | 4339188.500000 | nan | nan | nan | 5421850.500000 | 4952504.500000 | 4354241.500000 | 4940784.000000 | nan | 4298189.000000 | nan | nan | nan |
| 42 | KLEDHPK | 123307104.000000 | 106837896.000000 | 84448032.000000 | 78902920.000000 | 89514744.000000 | 98280312.000000 | 87897472.000000 | 208969872.000000 | 151869680.000000 | 153749568.000000 | 135967648.000000 | 134893232.000000 | 120237632.000000 | 119641896.000000 | 116114464.000000 | 29000224.000000 | 9957461.000000 | 4593758.500000 | 144472032.000000 | 139470512.000000 | 134152640.000000 | 118353248.000000 | 119820968.000000 | 124538512.000000 | 1584150.125000 | 31069960.000000 | 52193336.000000 |
| 43 | ISIFYNDPVSSLSFEPSEK | 5685108.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 9017005.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 5305006.500000 | nan | nan |
| 44 | NRAPPQRPR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 15836175.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 23359370.000000 | nan | nan | nan |
| 45 | GMAGGQHHHR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1213020.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 5626264.000000 |
| 46 | KVAHTSYK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2110450.500000 | 1801976.625000 |
| 47 | NDTFALIGYGSQGYGQGLNLR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 5376821.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 48 | HASSPVKR | 8809101.000000 | nan | nan | 5355382.500000 | 5685757.500000 | 6055214.500000 | nan | 15897202.000000 | nan | nan | 10585586.000000 | 10470499.000000 | nan | 7152875.000000 | 7125103.500000 | nan | nan | nan | nan | 12019439.000000 | 10120347.000000 | 7329381.500000 | 7291046.500000 | 7503383.500000 | nan | nan | nan |
| 49 | KLDHTER | 10141804.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | 11774413.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 9861717.000000 |
| 50 | KTEAANKVEETK | 25971638.000000 | 22918974.000000 | 19555502.000000 | 14728844.000000 | 16309011.000000 | 17451486.000000 | 19192068.000000 | 53974216.000000 | 40514532.000000 | 30347864.000000 | 26399548.000000 | 25727130.000000 | 20810596.000000 | 20598182.000000 | 21541504.000000 | 28439596.000000 | 23274622.000000 | 21330412.000000 | 25809874.000000 | 24948762.000000 | 24687260.000000 | 19527478.000000 | 18981324.000000 | 20057154.000000 | 6394581.500000 | 9731348.000000 | 12232300.000000 |
Peptide-Spectrum Matches
This plot shows the PSM informationin ProteomicsLFQ pipeline final result
This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:
- Something important
- Something else important
- Best of all - some
code
Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.
| PSM_ID | sequence | unique | search_engine_score[1] |
|---|---|---|---|
| 0 | YPDIFPVMK | 1 | 0.020432400 |
| 1 | YPDIFPVMK | 1 | 0.049212900 |
| 2 | KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK | 1 | 0.000000035 |
| 3 | HEDVHR | 1 | 0.000337860 |
| 4 | HEDVHR | 1 | 0.002171290 |
| 5 | HEDVHR | 1 | 0.000395317 |
| 6 | HEDVHR | 1 | 0.001292100 |
| 7 | HEDVHR | 1 | 0.001041510 |
| 8 | HEDVHR | 1 | 0.007875650 |
| 9 | HEDVHR | 1 | 0.000956745 |
| 10 | HEDVHR | 1 | 0.000783561 |
| 11 | HEDVHR | 1 | 0.001100610 |
| 12 | HEDVHR | 1 | 0.000617042 |
| 13 | HEDVHR | 1 | 0.001782390 |
| 14 | HEDVHR | 1 | 0.002193120 |
| 15 | HEDVHR | 1 | 0.002604750 |
| 16 | HEDVHR | 1 | 0.001791710 |
| 17 | HEDVHR | 1 | 0.002509710 |
| 18 | HEDVHR | 1 | 0.004418400 |
| 19 | HEDVHR | 1 | 0.000600523 |
| 20 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000133779 |
| 21 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000005448 |
| 22 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000172128 |
| 23 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000006248 |
| 24 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000443889 |
| 25 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000074277 |
| 26 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000077329 |
| 27 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000097670 |
| 28 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000047111 |
| 29 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000003528 |
| 30 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000041733 |
| 31 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000058530 |
| 32 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000005865 |
| 33 | HHNEGTVSK | 1 | 0.030330400 |
| 34 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000059593 |
| 35 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000014703 |
| 36 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000206862 |
| 37 | YDSTHGR | 0 | 0.000141769 |
| 38 | YDSTHGR | 0 | 0.000288653 |
| 39 | YDSTHGR | 0 | 0.000486917 |
| 40 | YDSTHGR | 0 | 0.000397113 |
| 41 | YDSTHGR | 0 | 0.000196494 |
| 42 | YDSTHGR | 0 | 0.000219259 |
| 43 | YDSTHGR | 0 | 0.000515477 |
| 44 | YDSTHGR | 0 | 0.000243188 |
| 45 | YDSTHGR | 0 | 0.000497314 |
| 46 | VLHHEK | 1 | 0.003729810 |
| 47 | VLHHEK | 1 | 0.004247390 |
| 48 | VLHHEK | 1 | 0.006562530 |
| 49 | VLHHEK | 1 | 0.004315360 |
Spectra Tracking
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline mzML tracking
This longer description explains what exactly the numbers mean and supports markdown formatting. This means that we can do this:
- Something important
- Something else important
- Best of all - some
code
Doesn't matter if this is copied from documentation - makes it easier for people to find quickly.
| Spectra File | MS1_Num | MS2_Num | MSGF | Comet | Final result of spectra | Final result of Peptides |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 7012 | 39718 | 26747 | 26156 | 15281 | 4190 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 6976 | 39682 | 26736 | 26338 | 15382 | 4230 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 6962 | 39782 | 26484 | 26148 | 15093 | 4215 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 7277 | 36802 | 26205 | 25778 | 15086 | 4389 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 7302 | 36813 | 25925 | 25574 | 14816 | 4364 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 7306 | 36871 | 25809 | 25470 | 14424 | 4204 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 6836 | 40856 | 26907 | 26481 | 15840 | 4298 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 7018 | 40512 | 26684 | 26116 | 15244 | 4045 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 6973 | 40439 | 26849 | 26242 | 15712 | 4194 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 7269 | 37482 | 26117 | 25603 | 14596 | 3936 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 7247 | 37556 | 26193 | 25775 | 14663 | 4025 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 7211 | 37739 | 26067 | 25376 | 14169 | 3992 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 7291 | 36884 | 26390 | 25928 | 15415 | 4199 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 7275 | 36887 | 25977 | 25394 | 14587 | 4139 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 7259 | 37111 | 26640 | 26211 | 15605 | 4305 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 6786 | 41833 | 26988 | 26463 | 15600 | 4336 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 6805 | 41653 | 26331 | 26019 | 14886 | 4296 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 6815 | 41665 | 26629 | 26197 | 15382 | 4397 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 7213 | 37918 | 26405 | 25772 | 14963 | 4071 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 7195 | 38046 | 26592 | 26035 | 15292 | 4063 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 7200 | 38052 | 26599 | 25942 | 13393 | 3747 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 7314 | 37009 | 26350 | 25905 | 15228 | 4093 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 7254 | 37492 | 26662 | 26095 | 15298 | 4095 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 7288 | 37342 | 26426 | 25873 | 15003 | 4070 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 7302 | 36443 | 25069 | 24949 | 13636 | 4966 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 7336 | 36416 | 25251 | 24910 | 13619 | 4590 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 7351 | 36345 | 25493 | 25073 | 14084 | 4506 |
Distribution of precursor charges
This is a bar chart representing the distribution of the precursor ion charges for a given whole experiment.
This information can be used to identify potential ionization problems including many 1+ charges from an ESI ionization source or an unexpected distribution of charges. MALDI experiments are expected to contain almost exclusively 1+ charged ions. An unexpected charge distribution may furthermore be caused by specific search engine parameter settings such as limiting the search to specific ion charges.
Number of Peaks per MS/MS spectrum
This chart represents a histogram containing the number of peaks per MS/MS spectrum in a given experiment. This chart assumes centroid data. Too few peaks can identify poor fragmentation or a detector fault, as opposed to a large number of peaks representing very noisy spectra. This chart is extensively dependent on the pre-processing steps performed to the spectra (centroiding, deconvolution, peak picking approach, etc).
Peak Intensity Distribution
This is a histogram representing the ion intensity vs. the frequency for all MS2 spectra in a whole given experiment. It is possible to filter the information for all, identified and unidentified spectra. This plot can give a general estimation of the noise level of the spectra.
Generally, one should expect to have a high number of low intensity noise peaks with a low number of high intensity signal peaks. A disproportionate number of high signal peaks may indicate heavy spectrum pre-filtering or potential experimental problems. In the case of data reuse this plot can be useful in identifying the requirement for pre-processing of the spectra prior to any downstream analysis. The quality of the identifications is not linked to this data as most search engines perform internal spectrum pre-processing before matching the spectra. Thus, the spectra reported are not necessarily pre-processed since the search engine may have applied the pre-processing step internally. This pre-processing is not necessarily reported in the experimental metadata.
Delta Mass
This chart represents the distribution of the relative frequency of experimental precursor ion mass (m/z) - theoretical precursor ion mass (m/z).
Mass deltas close to zero reflect more accurate identifications and also that the reporting of the amino acid modifications and charges have been done accurately. This plot can highlight systematic bias if not centered on zero. Other distributions can reflect modifications not being reported properly. Also it is easy to see the different between the target and the decoys identifications.
